Mangekyō Sharingan pozwala użytkownikowi na kontrolę nad Kyūbim, choć tylko Madara Uchiha osiągnął ten etap. Przyznaje im się także dostęp do innych skutecznych technik. Mangekyō Sharingan różni się od zwykłego Sharingana jego wyglądem, który zmienia postać łez. Inaczej niż w przypadku Sharingana, wygląd Mangekyō Sharingana różni się u każdego użytkownika; u Kakashiego Hatake i Itachiego Uchihy, przypominają rotory, zaś u Madary Uchiha i Izuny ich wygląd jest bardziej szczegółowy od podstawowych trzech łezek Sharingana, a u Sasuke Uchiha wygląda jak trzy przecinające się elipsy.



Mangekyō Sharingan jest nabyte przez śmierć osoby najbliższej użytkownika Sharingana. W celu przyspieszenia tego zdarzenia, Uchiha w całej swojej historii zabijali swoich najbliższych przyjaciół, w celu spełnienia tego kryterium, jednak, jak Kakashi zdobył Mangekyō Sharingan nie zostało jeszcze wyjaśnione. W celu uzyskania Mangekyō Sharingana, trzeba poczuć emocje spowodowane utratą przyjaciół lub rodziny, a jedynie ich zabijanie lub oglądanie ich śmierć nie umożliwi jego aktywacji.


Madara i Izuna po przebudzeniu swoich Mangekyō Sharinganów
Z biegiem czasu, wykorzystania technik Mangekyō Sharingana pogarsza wzrok użytkownika do punktu ślepoty. Tylko pobieranie i przeszczepianie sobie oczu rodzeństwa może przywrócić komuś wzrok, jest to także proces, który prowadzi do utworzenia Wiecznego Mangekyō Sharingana (永遠 の 万華鏡 写 輪 眼, Eien no Mangekyō Sharingan). Proces nie tylko przywraca na stałe wzrok, ale także daje osobie większą moc. Wieczny Mangekyō Sharingan wydaje się również zmieniać w stosunku do oryginału, gdyż wydaje się być połączeniem obecnego właściciela Mangekyō z poprzednim właścicielem.