Kekkei genkai (血 継 限界, dosłownie znaczy "techniki ograniczające się do dziedziczenia przez krew czy"Limit linii krwi") są przekazywanymi genetycznie umiejętnościoma w poszczególnych klanach. Jest możliwe dla ninja mieć więcej niż jedną z tych możliwości. Zdolności Kekkei Genkai, które działają za pośrednictwem oczu użytkownika nazywane są dōjutsu. Inne Kekkei Genkai obejmują mieszanie jednego rodzaju żywiołowej czakry z innymi, tworząc nowe, unikalne dla użytkowników, co jest zwykle niemożliwe do normalnego ninja. Kekkei Genkai i związane z nimi techniki nie można się nauczyć i kopiować przez innych. Jednak Kekkei Genkai może być przekazywane osobom trzecim. Dōjutsu, Kekkei Genkai izolowanych do jednego organu, może być przeszczepiane do organu innego, tak jak to uczyniono z przeniesieniem Sharingana Obito do Kakashiego. Korzystanie z tych organów wymaga więcej chakry, niż od kogoś urodzonego z Kekkei Genkai. Elementy chakry mogą być przekazywane osobom spoza klanu, tak jak przypadku Yamato, który przeszedł modyfikację DNA przez Orochimaru, zdobywając umiejętność panowania nad technikami Mokuton. Jednak umiejętności Yamato w użyciu nie są tak potężny jak w przypadku oryginału, Hashiramy Senju.